تجزیه مواد آلی مختلف توسط میکروارگانیسمهای خاک : بقایای گیاهی ، مدفوعات و اجساد جانوران از ترکیبات شیمیایی مختلفی تشکیل یافته اند که به گروه های مخصوصی تقسیم بندی می شوند. با افزایش عمر گیاه مواد سخت تجزیه شونده از قبیل سلولز و چوب دائماً افزایش یافته و سایر مواد کمتر می شوند. در مقایسه با هوموس دائمی که به مواد نسبتاً آسانتر مورد تجزیه قرار می گیرند. میکروارگانیسم هایی که در تجزیه پس مانده های گیاهی و جانوری دخالت دارند میکروفلورسیوژن نامیده می شوند و اختلاف آنها با میکروفلوراتوکتون از نظر دخالت آنها در تغییر و تبدیل مواد هوموسی است تعداد میکروارگانیسم های سیموژن بر حسب وجود مقدار مواد آلی قابل تجزیه و میزان ترکیبات حاصل از تجزیه آنها نوسانات زیادی را نشان می دهد. مواد محلول در آب مثل قندها، اسیدهای آلی و اسیدهای آمینه توسط اغلب میکروارگانیسم ها مورد استفاده قرار می گیرند و تحت شرایط هوازی، CO2 و آمونیاک نیز توسط فلور موجود در آب به مورد استفاده میکروارگانیسم ها تجزیه می شود.